Subir archivos a ''

Codigo3D_Difusion.py

@@ -0,0 +1,76 @@
+import numpy as np
+import matplotlib.pyplot as plt
+from tqdm import tqdm
+
+def normalize_cm(matriz):
+    '''
+    Traslada el sistema al centro de masas en cada tiempo.
+    '''
+    tiempo = matriz.shape[0]
+    matriz2 = np.zeros_like(matriz)
+    for i in range(tiempo):
+        for j in range(3):
+            matriz2[i,:,j] = matriz[i,:,j] - np.mean(matriz[i,:,j])
+    return matriz2
+
+def calcular_msd(datanorm):
+
+    dt_max = datanorm.shape[0] // 2
+    msd = np.zeros(dt_max - 1)
+    tiempo = np.arange(1, dt_max) * 100 # 100 es el paso de tiempo
+    
+    '''
+    Nota procedimiento:
+        - Calculamos tf - ti (siempre es la resta entre mismas particulas porque no se toca las otras dim)
+        Ex. dt = 1, entonces datanorm[dt:] va desde 1 hasta final, mientras que
+            datanorm[:-dt] va desde el comienzo hasta el penultimo (resta segundo con primero, y asi hasta final menos penultimo)
+            Las dimensiones tienen que cambiar porque si dt = 1, tenemos 1599 en vez de 1600 y el CRITERIO es hasta la mitad
+        - Calculamos la norma al cuadrado
+        --> Tenemos x valores de deltat para cada particula, hacemos el promedio que sera el promedio del sistema para ese dt
+    '''
+    
+    for dt in tqdm(range(1, dt_max), desc="Calculando MSD"):
+        displac = datanorm[dt:] - datanorm[:-dt] 
+        dist2 = np.sum(displac ** 2, axis=2)
+        msd[dt - 1] = np.mean(dist2)
+    
+    return msd, tiempo
+
+# %% CARGA DE DATOS / NORMALIZACION AL CM
+
+data1 = np.load("matrizcart_xi2_t06.npy")  
+data2 = np.load("matrizcartb_xi2_t06.npy")
+data3 = np.load("matrizcartc_xi2_t06.npy")
+
+data = np.concatenate((data1, data2, data3))
+datanorm = normalize_cm(data)
+
+# %% CÁLCULO DEL MSD 
+
+msd, tiempo = calcular_msd(datanorm)
+np.save('msddef_xi2_t06', msd) # guardar
+
+# %% GRAFICA
+
+xp1 = np.log(tiempo)[0] # ajuste desde el inicio
+yp1 = np.log(msd)[0]
+
+x1 = np.linspace(xp1, xp1 + 6, 100)
+y1= yp1 + 1 * (x1 - xp1)
+
+plt.figure()
+plt.plot(np.log(tiempo), np.log(msd), label="MSD")
+plt.plot(x1, y1, "--", label="Pendiente = 1", color="orange")
+plt.xlabel("log(Δt)")
+plt.ylabel("log(MSD)")
+plt.title("MSD del sistema (Xi = 2, kbT = 0.6)", fontsize=14, fontweight="bold")
+plt.grid(True)
+plt.legend()
+plt.tight_layout()
+
+plt.savefig("difusiondef_xi2_t06.png", dpi=300, bbox_inches='tight')  # guardar
+
+plt.show()
+
+
+